要点
AIでタンパク質の3Dモデルを作成できますか？
2026年10月更新 · 3Dモデルはベータ版です
はい。ただし、解明された構造そのものではなく、説明用のモデルとして作成します。チャットで依頼するか生化学のPDFを開くと、ScholarlyのAIがタンパク質のαヘリックス、βシート、ドメイン、活性部位にラベルを付けたモデルを作成します。タンパク質の働きを教えるために描かれたもので、実験で得られた座標に基づくものではありません。原子の位置が重要な場合は、PyMOLまたはChimeraXをご利用ください。
タンパク質の機能は立体構造と切り離せず、構造の各階層のつながりは一覧だけでは把握しにくいものです。鎖がヘリックスやシートに折りたたまれ、それらが三次構造にまとまり、サブユニットが集まってヘモグロビンのような分子になります。酵素のポケットや、それぞれヘム基を持つ4つのサブユニットを目で見ると、ある場所の変化が別の場所に影響する理由がわかります。
必要な部分を選びましょう。すべての原子ではなく、特定の領域を依頼できます。たとえば、基質を伴う酵素の活性部位、結合部位を含む抗体のY字形、膜を貫通するチャネルなどです。学習中の生化学の章や総説をPDFとして使うと、モデルの専用ページでラベルがその表現に沿います。読みながらチャットで依頼すれば、スレッド内にモデルが表示されます。
できないことも確認しておきましょう。ScholarlyはPDBファイルやCIFファイルを読み込まず、実験座標も使用せず、構造の計算や予測も行いません。リボンやポケットは説明のための表現なので、残基間距離の確認、ドッキング、創薬には使用しないでください。実際の構造を扱う場合はPDBエントリーをPyMOLまたはChimeraXで、予測構造を扱う場合はAlphaFoldをご利用ください。Scholarlyは、授業、勉強会、チームにタンパク質を説明するときにご利用ください。
使い方
タンパク質モデルの作成方法
タンパク質を指定し、重要な領域を選んで、作成を確定します。
- 01
チャットで依頼するか章を開く
どのチャットでもタンパク質のモデルを依頼できます。PDFとして保存した生化学の章や総説から3Dモデルを始めることもできます。PDFから作成したモデルは専用ページで開きます。
- 02
モデルで教える内容を選ぶ
タンパク質と、ラベルを付ける特徴（ヘリックス、シート、活性部位、ドメイン）を指定します。作成を確定すると、AI作成クレジットを1つ使用します。
- 03
AIが折りたたみ構造を描画
数分かけて、リボン、ラベル、ライティングを備えたモデルをthree.jsで記述します。形状は説明のためのもので、座標から計算されたものではありません。
- 04
回転と色の変更
チャットメッセージ内で回転やズームができ、ページ全体で開くこともできます。依頼するだけでドメインの色を変更でき、有料プランではスライドや動画用に書き出せます。
活用例
タンパク質モデルが役立つ場面
タンパク質を測定するのではなく、その働きを説明したいときに役立ちます。
生化学の授業
アミノ酸鎖から組み上がった複合体まで、タンパク質構造の4つの階層を示します。
酵素
活性部位と基質を示し、誘導適合や競合阻害を説明できます。
医学と生理学
ヘモグロビンのサブユニットとヘム基、または鎌状赤血球症の原因となる1か所の変化を示します。
免疫学
抗体の重鎖と軽鎖、抗原結合部位を示します。
薬理学とバイオテクノロジーの研修
受容体やキナーゼとその結合ポケットを示し、新入社員に作用機序を説明できます。
MCATと資格試験の対策
覚える必要のある構造に、お手持ちの復習資料の表現でラベルを付けます。
依頼の例
試せるタンパク質のリクエスト
タンパク質と、明示したい特徴を指定してください。
4つのサブユニットとヘム基にラベルを付けたヘモグロビンを作成してください。
αヘリックスとβシートを並べて表示し、水素結合にラベルを付けてください。
活性部位が開き、基質が結合しようとしている酵素のモデルを作成してください。
IgG抗体を作成し、重鎖、軽鎖、抗原結合部位にラベルを付けてください。
膜を貫通するGタンパク質共役受容体を表示し、7本のヘリックスにラベルを付けてください。
ドメインごとに色を分け、スライド用に背景を透明にしてください。
ベータ版
現在できること・できないこと
3Dモデルはベータ版です。タンパク質の場合、実験座標や予測座標に基づく構造ではなく、説明のための教育用モデルとなります。
できること
- αヘリックス、βシート、ドメイン、活性部位にラベルを付けたリボン形式のモデル。
- すべての原子ではなく、1つの領域、複合体、機構に絞った説明用の表示。
- どのチャットでも作成してメッセージ内に表示でき、1つのPDFから専用ページで作成することもできます。
- 有料プランでは、4K PNG、透過PNG、8秒の1080pターンテーブルMP4、.glbファイルを書き出せます。
対応していないこと
- CADの精度や設計・製造に使える精度はありません。仕組みを説明するためのモデルで、寸法どおりの設計データではありません。
- STL・OBJ形式での書き出しや3Dプリントには対応していません。書き出せるのは画像、ターンテーブル動画、.glbファイルです。
- スカルプトやパーツのドラッグといった手作業の3D編集ツールはありません。モデルの変更はチャットで依頼します。
- モデルはPDF 1つか、空のチャットから始めます。ノートやスライドはPDFとして保存するか、内容をチャットで伝えてください。
- ベータ版のため、適用する前に必ず下書きをプレビューし、チームに見せる前にラベルを確認してください。
FAQ
よくある質問
PDBファイルやCIFファイルをインポートできますか？
いいえ。3Dモデルは1つのPDFまたは空のチャットから始まり、PDB、CIF、その他の構造ファイルは読み込みません。実際のPDBエントリーを確認するには、PyMOLまたはChimeraXをご利用ください。
残基の位置や距離は正確ですか？
いいえ。正確さを目的としたものではありません。モデルは実験座標を使用せず、AIが構造を説明するためにヘリックス、シート、ポケットを配置します。測定、ドッキング、設計には使用しないでください。
配列からタンパク質の構造を予測できますか？
いいえ。折りたたみの計算や予測は行いません。予測構造が必要な場合は、AlphaFoldを使用し、結果をChimeraXで表示してください。そのうえで、Scholarlyのラベル付きモデルを使えば、その構造の働きを説明しやすくなります。
タンパク質モデルはどこまで詳細にできますか？
説明用モデルは、ヘリックス、シート、ドメイン、サブユニットの階層で最も見やすくなります。大きな複合体の場合は、すべての原子ではなく1つのドメインや結合部位を依頼してください。特定の側鎖が重要な場合は、その名前を指定してラベルを依頼してください。
タンパク質の形が変わる様子を表示できますか？
作成時に依頼してください。たとえば、T状態とR状態の間を移行するヘモグロビンや、基質を包み込むように閉じる酵素などです。この動きは概念を説明するために作成されたアニメーションであり、分子動力学シミュレーションではありません。既存のモデルにアニメーションを追加する場合は、新しい作成として扱われます。
タンパク質モデルの費用はどのくらいですか？
完全な作成1回につきAI作成クレジットを1つ使用します。使用前に確認があり、作成に失敗した場合はクレジットが返却されます。ラベルやドメインの色の変更は小さな編集なので、クレジットを使用しません。書き出しには有料プランが必要です。
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PDFが説明している内容を、ラベル付きの3Dモデルに。