要点
AIで分子の3Dモデルは作れますか？
2026年10月更新 · 3Dモデルはベータ版です
できます。学習用のモデルとしてです。使っている化学や薬理学のPDFを開くか、チャットで分子を説明すると、ScholarlyのAIがモデルを本物のthree.jsコードとして書き上げます。元素ごとに色分けした原子、官能基・電荷・結合角のラベル、ライティング、あらゆる角度から見せるターンテーブルまで備えています。形状は説明用で計算されたものではないため、構造の説明に使い、結合長やエネルギー、ドッキングには使わないでください。
分子は平面の図からは想像しにくいものです。骨格式では立体構造が見えず、くさび形の表記は頭の中で組み立てる必要があります。回して見られるモデルなら、水がなぜ折れ線形なのか、メタンがなぜ正四面体なのか、医薬品分子のどちら側に官能基があるのかがわかります。
教えている内容に沿ったモデルになります。章、添付文書、実験の手引きをPDFで開くと、AIが組み立てる前にそれを読むため、ラベルには資料が強調している名称、電荷、官能基が使われます。反応の前後で同じ分子を並べて比較することもできます。
できないことも知っておいてください。ScholarlyはPyMOLやJmolのような分子ビューアではなく、PDBやMOLファイルは読み込めず、構造の計算もしません。研究レベルの構造にはそれらのツールを使ってください。講義や院内研修、実験前の説明で構造を伝えるなら、4K PNG、ターンテーブル動画（MP4）、PowerPointやKeynote用の.glbファイルとして書き出せるラベル付きモデルのほうが早く用意できます。
使い方
分子モデルの作り方
分子を指定してビルドを確認し、大事なところにラベルを付けます。
- 01
資料を開くか、空から始める
化学の章、医薬品の添付文書、実験の手引きをPDFで開くか、空のモデルから始めてチャットで分子を説明します。
- 02
分子を指定する
どの分子か、何にラベルを付けるか（原子、官能基、電荷、結合角）を伝え、1 AIクレジットを使うビルドを確認します。
- 03
AIが組み立てる
数分かけて、原子を想定される配置に並べ、ラベルとライティングを付けたモデルをthree.jsで書き上げます。その後、下書きをプレビューします。
- 04
仕上げて書き出す
色やラベルの文言は無料のチャット編集で変更し、有料プランでは画像、ターンテーブル動画、.glbファイルとして書き出します。
活用例
分子モデルが役立つ場面
分子の形や官能基の位置が要点になるところ。
一般化学
VSEPR理論による分子の形。直線形、折れ線形、平面三角形、正四面体形。
有機化学
官能基と、それが炭素骨格のどこにあるか。
生化学
アミノ酸、糖、DNAの短い一部分を説明するモデル。
薬理学・看護
医薬品の主要な官能基を、添付文書や講義ノートどおりのラベルで。
実験・臨床の研修
院内研修や実験前の説明で構造を伝えるための、ターンテーブル動画やスライド用の画像。
国家試験・入試対策
看護師・薬剤師の国家試験や医学部入試で覚えておきたい形を、自分の復習資料から。
依頼の例
分子の依頼の例
分子名と、ラベルを付けたいものを伝えましょう。
水分子を作って、結合角にラベルを付けて。
炭素を中心に、4つの水素にラベルを付けたメタンを作って。
エタノールを作って、ヒドロキシ基にラベルを付けて。
12ページの反応に出てくる2つの分子を並べて作って。
原子を元素で色分けして。炭素は濃いグレー、酸素は赤、水素は白、窒素は青。
スライドに載せたいので背景を透明にして。
ベータ版
現在できること・できないこと
3Dモデルはベータ版です。化学の場合は、計算ではなく説明用の形状で作る学習用モデルになります。
できること
- 元素ごとに色分けした原子と、元素・官能基・電荷・結合角のラベル。
- 化学のPDFのページに基づいて、またはチャットでの説明から作成します。
- 回転・ズーム、透視・正面・側面・上面の視点、全体表示、ターンテーブル。
- 有料プランでは、4K PNG、背景透過PNG、8秒・1080pのターンテーブル動画（MP4）、.glbファイルを書き出せます。
対応していないこと
- CADの精度や設計・製造に使える精度はありません。仕組みを説明するためのモデルで、寸法どおりの設計データではありません。
- STL・OBJ形式での書き出しや3Dプリントには対応していません。書き出せるのは画像、ターンテーブル動画、.glbファイルです。
- スカルプトやパーツのドラッグといった手作業の3D編集ツールはありません。モデルの変更はチャットで依頼します。
- モデルはPDF 1つか、空のチャットから始めます。ノートやスライドはPDFとして保存するか、内容をチャットで伝えてください。
- ベータ版のため、適用する前に必ず下書きをプレビューし、チームに見せる前にラベルを確認してください。
FAQ
よくある質問
結合角や結合長は正確ですか？
説明用の目安です。AIは想定される立体構造が伝わるように原子を配置し、資料にある結合角をラベルにできますが、構造の計算はしません。測定値としては使わないでください。
結合や孤立電子対、特定の表示スタイルで見せられますか？
チャットで頼んでください。モデルは決まった数種類の図形から選ぶのではなくthree.jsのコードとして書かれるため、結合、孤立電子対、ラベル付きの官能基を、伝えたとおりに表現できます。あとで見た目を変えたいときも、チャットで依頼します。手作業の3D編集ツールはありません。
PDB・MOL・SDFファイルを読み込めますか？
できません。3DモデルはPDF 1つか空のチャットから始めるもので、化学ファイル形式は読み込めません。分子を説明するか、その分子を扱っているPDFを開いてください。
どのくらい大きな分子まで作れますか？
学習用モデルとしては、小〜中程度の大きさの分子が最も見やすくなります。タンパク質の場合は、すべての原子ではなく、1つの領域やドメインを説明するモデルを依頼してください。
料金はかかりますか？
登録は無料です。フルビルドは1回1 AIクレジットで、開始前に確認します。ラベルの文言、色、サイズ、背景などのチャットでの小さな編集は無料で、承認カードに表示されます。書き出しは有料プランで利用できます。
異性体や反応の段階を比較できますか？
できます。2つ以上の分子をそれぞれラベル付きで並べるよう頼み、色やラベルは小さなチャット編集で調整します。「元に戻す」で前のバージョンに戻せます。