أنشئ نماذج بروتين ثلاثية الأبعاد توضح كيف تحدد البنية الوظيفة

لا. يبدأ النموذج ثلاثي الأبعاد من ملف PDF واحد أو من محادثة فارغة، ولا يقرأ ملفات PDB أو CIF أو غيرها من ملفات البنية. لعرض مدخل حقيقي من PDB، استخدم PyMOL أو ChimeraX.

لا، وليس هذا هو الغرض منها. لا يستخدم النموذج إحداثيات تجريبية، ويرتب الذكاء الاصطناعي الحلزونات والصفائح والجيوب لتوضيح البنية. لا تستخدمه للقياس أو الالتحام الجزيئي أو التصميم.

لا. فهو لا يحسب الطي ولا يتنبأ به. للحصول على بنية متنبأ بها، استخدم AlphaFold واعرض النتيجة في ChimeraX. ويمكن بعد ذلك أن يساعدك نموذج Scholarly بتسميات توضيحية في شرح ما تفعله تلك البنية.

تكون النماذج التوضيحية أوضح على مستوى الحلزونات والصفائح والنطاقات والوحدات الفرعية. بالنسبة إلى المعقد الكبير، اطلب نطاقا واحدا أو موقع ارتباط واحدا بدلا من كل ذرة. وإذا كانت سلسلة جانبية معينة مهمة، فاذكرها واطلب إضافة تسمية لها.

اطلب ذلك عند الإنشاء، مثل انتقال الهيموغلوبين بين الحالتين T وR، أو انغلاق إنزيم حول ركيزة. الحركة رسوم متحركة مكتوبة لشرح الفكرة، وليست محاكاة ديناميكيات جزيئية. وتعد إضافة حركة إلى نموذج موجود عملية إنشاء جديدة.

يستخدم كل إنشاء كامل وحدة إنشاء بالذكاء الاصطناعي واحدة، وتؤكد ذلك أولا، وتعاد الوحدة إذا فشل الإنشاء. يعد تغيير تسمية أو لون نطاق تعديلا بسيطا ولا يستهلك أي وحدة. يتطلب التصدير خطة مدفوعة.